home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Turnbull China Bikeride / Turnbull China Bikeride - Disc 2.iso / STUTTGART / ETC / RASMOL / !RasMol / HelpFile < prev    next >
Text File  |  1996-03-03  |  72KB  |  1,691 lines
  1. RasMol2 is a molecular graphics program intended for the visualisation of 
  2. proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at 
  3. display, teaching and generation of publication quality images. RasMol runs 
  4. on Microsoft Windows, Apple Macintosh, Acorn RISC OS, UNIX and VMS systems.
  5. The UNIX and  VMS systems require an 8, 24 or 32 bit colour X Windows display
  6. (X11R4 or  later). The program reads in a molecule co-ordinate file and
  7. interactively  displays the molecule on the screen in a variety of colour
  8. schemes and  molecule representations. Currently available representations
  9. include  depth-cued wireframes, 'Dreiding' sticks, spacefilling (CPK) spheres,
  10. ball  and stick, solid and strand biomolecular ribbons, atom labels and dot 
  11. surfaces. 
  12.  
  13. The RasMol help facility can be accessed by typing "help <topic>" or
  14. "help <topic> <subtopic>" from the command line. A complete list of RasMol
  15. commands may be displayed by typing "help commands". A single question
  16. mark may also be used to abbreviate the keyword "help".
  17.  
  18. Copyright (c) 1992-1995 by Roger Sayle (ras32425@ggr.co.uk)
  19.  
  20.  
  21. ?commands
  22. ?keywords
  23. RasMol allows the execution of interactive commands typed at the "RasMol>" 
  24. prompt in the terminal window. Each command must be given on a separate 
  25. line. Keywords are case insensitive and may be entered in either upper or 
  26. lower case letters. All whitespace characters are ignored except to separate 
  27. keywords and their arguments. 
  28.  
  29. The commands/keywords currently recognised by RasMol are given below. 
  30. Type "help <command>" for more information on each RasMol function.
  31.  
  32.  
  33.     backbone        background      centre          clipboard
  34.     colour          connect         cpk             dots
  35.     define          echo            exit            hbonds
  36.     help            label           load            print
  37.     quit            renumber        reset           restrict
  38.     ribbons         rotate          save            script
  39.     select          set             show            slab
  40.     source          spacefill       ssbonds         strands
  41.     structure       trace           translate       wireframe
  42.     write           zap             zoom
  43.  
  44.  
  45. ?trace
  46. ?backbone
  47. Backbone
  48. Syntax:  backbone {<boolean>}
  49.          backbone <value>
  50.  
  51. The RasMol `backbone' command permits the representation of a polypeptide 
  52. backbone as a series of bonds connecting the adjacent alpha carbons of each 
  53. amino acid in a chain. The display of these backbone `bonds' is turned on 
  54. and off by the command paramater the same as the `wireframe' command. The 
  55. command `backbone off' turns off the selected `bonds', and `backbone on' or 
  56. with a number turns them on. The number can be used to specify the cylinder 
  57. radius of the representation in either angstrom or rasmol units. A parameter 
  58. value of 500 (2.0 angstroms) or above results in a "Parameter value too 
  59. large" error. Backbone objects may be coloured using the RasMol `colour 
  60. backbone' command. 
  61.  
  62. The reserved work backbone is also used as a predefined set ("help sets") 
  63. and as a parameter to the `set hbond' and `set ssbond' commands. The RasMol 
  64. command `trace' is synonymous with the command `backbone.' 
  65.  
  66. ?background
  67. Background
  68. Syntax:  background <colour>
  69.  
  70. The RasMol `background' command is used to set the colour of the "canvas" 
  71. background. The colour may be given as either a colour name or a comma 
  72. separated triple of Red, Green and Blue (RGB) components enclosed in square 
  73. brackets. Typing the command `help colours' will give a list of the 
  74. predefined colour names recognised by RasMol. When running under X Windows, 
  75. RasMol also recognises colours in the X server's colour name database. 
  76.  
  77. The `background' command is synonymous with the RasMol `set background' 
  78. command. 
  79.  
  80. ?center
  81. ?centre
  82. Centre
  83. Syntax:  center {<expression>}
  84.          centre {<expression>}
  85.  
  86. The RasMol `centre' command defines the point about which the `rotate' 
  87. command and the scroll bars rotate the current molecule. Without a parameter 
  88. the centre command resets the centre of rotation to be the centre of gravity 
  89. of the molecule. If an atom expression is specified, RasMol rotates the 
  90. molecule about the centre of gravity of the set of atoms specified by the 
  91. expression. Hence, if a single atom is specified by the expression, that 
  92. atom will remain `stationary' during rotations. 
  93.  
  94. Type `help expression' for more information on RasMol atom expressions. 
  95.  
  96. ?clipboard
  97. Clipboard
  98. Syntax:  clipboard
  99.  
  100. The RasMol `clipboard' command places a copy of the currently displayed 
  101. image on the local graphics `clipboard'. Note: this command is not yet 
  102. supported on UNIX or VMS machines. It is intended to make transfering images 
  103. between applications easier under Microsoft Windows or on an Apple 
  104. Macintosh. 
  105.  
  106. When using RasMol on a UNIX or VMS system this functionality may be achieved 
  107. by generating a raster image in a format that can be read by the receiving 
  108. program using the RasMol `write' command. 
  109.  
  110. ?color
  111. ?colour
  112. Colour
  113. Syntax:  colour {<object>} <colour>
  114.          color {<object>} <colour>
  115.  
  116. Colour the atoms (or other objects) of the selected region. The colour may 
  117. be given as either a colour name or a comma separated triple of Red, Green 
  118. and Blue (RGB) components enclosed in square brackets. Typing the command 
  119. `help colours' will give a list of all the predefined colour names 
  120. recognised by RasMol. 
  121.  
  122. Allowed objects are `atoms,' `bonds,' `backbone,' `ribbons' `labels' `dots,' 
  123. `hbonds,' and `ssbonds.' If no object is specified, the default keyword 
  124. `atom' is assumed. Some colour schemes are defined for certain object types. 
  125. The colour scheme `none' can be applied all objects accept atoms and dots, 
  126. stating that the selected objects have no colour of their own, but use the 
  127. colour of their associated atoms (i.e. the atoms they connect). `Atom' 
  128. objects can also be coloured by `cpk,' `amino,' `chain,' `group,' `shapely,' 
  129. `structure,' `temperature' `charge' and `user. Hydrogen bonds can also be 
  130. coloured by' `type' and dot surfaces can also be coloured by `electrostatic 
  131. potential.' For more information type `help colour <colour>.' 
  132.  
  133. ?connect
  134. Connect
  135. Syntax:  connect {<boolean>}
  136.  
  137. The RasMol `connect' command is used to force RasMol to (re)calculate the 
  138. connectivity of the current molecule. If the original input file contained 
  139. connectivity information, this is discarded. The command `connect false' 
  140. uses an extremely fast heuristic algorithmm that is suitable for determing 
  141. bonding in large bio-molecules such as proteins and nucleic acids. The 
  142. command `connect true' uses a slower more accurate algorithm based upon 
  143. covalent radii that is more suitable for small molecules containing 
  144. inorganic elements or strained rings. If no parameters are given, RasMol 
  145. determines which algorithm to use based on the number of atoms in the file. 
  146. Greater than 255 atoms causes RasMol to use the faster implementation. This 
  147. is the method used to determine bonding, if necessary, when a molecule is 
  148. first read in using the `load' command. 
  149.  
  150. ?define
  151. Define
  152. Syntax:  define <identifier> <expression>
  153.  
  154. The RasMol `define' command allows the user to associate an arbitrary set of 
  155. atoms with a unique identifier. This allows the definition of user-defined 
  156. sets. These sets are declared statically, i.e. once defined the contents of 
  157. the set do not change, even if the expression defining them depends on the 
  158. current transformation and representation of the molecule. 
  159.  
  160. ?dot surface
  161. ?surface
  162. ?dots
  163. Dots
  164. Syntax:  dots {<boolean>}
  165.          dots <value>
  166.  
  167. The RasMol `dots' command is used to generate a Van der Waal's dot surface 
  168. around the currently selected atoms. Dot surfaces display regularly spaced 
  169. points on a sphere of Van der Waals' radius about each selected atom. Dots 
  170. that would are `buried' within the Van der Waal's radius of any other atom 
  171. (selected or not) are not displayed. The command `dots on' deletes any 
  172. existing dot surface and generates a dots surface around the currently 
  173. selected atom set with a default dot density of 100. The command `dots off' 
  174. deletes any existing dot surface. The dot density may be specified by 
  175. providing a numeric parameter between 1 and 1000. This value approximately 
  176. corresponds to the number of dots on the surface of a medium sized atom. 
  177.  
  178. By default, the colour of each point on a dot surface is the colour of it's 
  179. closest atom at the time the surface is generated. The colour of the whole 
  180. dot surface may be changed using the `colour dots' command. 
  181.  
  182. ?echo
  183. Echo
  184. Syntax:  echo {<string>}
  185.  
  186. The RasMol `echo' command is used to display a message in the RasMol 
  187. command/terminal window. The string parameter may optionally be delimited in 
  188. double quote characters. If no parameter is specified, the `echo' command 
  189. displays a blank line. This command is particularly useful for displaying 
  190. text from within a RasMol `script' file. 
  191.  
  192. ?hbond
  193. ?hbonds
  194. HBonds
  195. Syntax:  hbonds {<boolean>}
  196.          hbonds <value>
  197.  
  198. The RasMol `hbond' command is used to represent the hydrogen bonding of the 
  199. protein molecule's backbone. This information is useful in assessing the 
  200. protein's secondary structure. Hydrogen bonds are represented as either 
  201. dotted lines or cylinders between the donor and acceptor residues. The first 
  202. time the `hbond' command is used, the program searches the structure of the 
  203. molecule to find hydrogen bonded residues and reports the number of bonds to 
  204. the user. The command `hbonds on' displays the selected `bonds' as dotted 
  205. lines, and the `hbonds off' turns off their display. The colour of hbond 
  206. objects may be changed by the `colour hbond' command. Initially, each 
  207. hydrogen bond has the colours of its connected atoms. 
  208.  
  209. By default the dotted lines are drawn between the accepting oxygen and the 
  210. donating nitrogen. By using the `set hbonds' command the alpha carbon 
  211. positions of the appropriate residues may be used instead. This is 
  212. especially useful when examining proteins in backbone representation. 
  213.  
  214. ?help
  215. Help
  216. Syntax:  help {<topic> {<subtopic>}}
  217.          ? {<topic> {<subtopic>}
  218.  
  219. The RasMol `help' command provides on-line help on the given topic. 
  220.  
  221. ?labels
  222. ?label
  223. Label
  224. Syntax:  label {<string>}
  225.          label <boolean>
  226.  
  227. The RasMol `label' command allows an arbitrary formatted text string to be 
  228. associated with each currently selected atom. This string may contain 
  229. embedded `expansion specifiers' which display properties of the atom being 
  230. labelled. An expansion specifier consists of a `%' character followed by a 
  231. single alphabetic character specifying the property to be displayed. An 
  232. actual '%' character may be displayed by using the expansion specifier `%%'. 
  233.  
  234. Atom labelling for the currently selected atoms may be turned off with the 
  235. command `label off.' By default, if no string is given as a parameter RasMol 
  236. uses labels appropriate for the current molecule. 
  237.  
  238. The colour of each label may be changed using the `colour label' command. By 
  239. default, each label is drawn in the same colour as the atom to which it is 
  240. attached. The size of the displayed text may be changed using the `set 
  241. fontsize' command. 
  242.  
  243. For a list of expansion specifiers, type "help specifiers". 
  244.  
  245. ?expansion
  246. ?specifiers
  247. ?expansion specifiers
  248. ?label specifiers
  249. Label Specifiers
  250. Label specifiers are characters sequences that are embedded in the string 
  251. parameter passed to the RasMol `label' command. These specifiers are then 
  252. expanded as the labels are drawn to display properties associated with the 
  253. atom being labelled. The following table lists the current expansion 
  254. specifiers. The specifier '%%' is treated as an exception and is displayed 
  255. as a single `%' character. 
  256.  
  257.     %a      Atom Name
  258.     %b %t   B-factor/Temperature
  259.     %c %s   Chain Identifier
  260.     %e      Element Atomic Symbol
  261.     %i      Atom Serial Number
  262.     %n      Residue Name
  263.     %r      Residue Number
  264.  
  265.  
  266. ?load
  267. Load
  268. Syntax:  load {<format>} <filename>
  269.  
  270. Load a molecule co-ordinate file into RasMol2. Valid molecule file formats 
  271. are `pdb' (Brookhaven Protein Databank), `mdl' (Molecular Design Limited's 
  272. MOL file format), `alchemy' (Tripos' Alchemy file format), `mol2' (Tripos' 
  273. Sybyl Mol2 file format), `charmm' (CHARMm file format) or `xyz' (MSC's XMol 
  274. XYZ file format). If no file format is specified, `pdb' is assumed by 
  275. default. Only a single molecule may be loaded at a time. To delete a 
  276. molecule prior to loading another use the RasMol `zap' command. 
  277.  
  278. The `load' command selects all the atoms in the molecule, centres it on the 
  279. screen and renders it as a CPK coloured wireframe model. If the molecule 
  280. contains no bonds (i.e. contains only alpha carbons), it is drawn as an 
  281. alpha carbon backbone. If the file specifies less bonds than atoms, RasMol 
  282. determines connectivity using the `connect' command. 
  283.  
  284. ?print
  285. Print
  286. Syntax:  print
  287.  
  288. The RasMol `print' command sends the currently displayed image to the local 
  289. default printer using the operating system's native printer driver. Note: 
  290. this command is not yet supported under UNIX or VMS. It is intended to take 
  291. advantage of Microsoft Windows and Apple Macintosh printer drivers. For 
  292. example, allowing images to be printed directly on a dot matrix printer. 
  293.  
  294. When using RasMol on a UNIX or VMS system this functionality may be achieved 
  295. by either generating a PostScript file using the RasMol `write ps' or `write 
  296. vectps' commands and printing that or generating a raster image file and 
  297. using a utility to dump that to the local printer. 
  298.  
  299. ?exit
  300. ?quit
  301. Quit
  302. Syntax:  quit
  303.          exit
  304.  
  305. Exit from the RasMol program. The RasMol commands `exit' and `quit' are 
  306. synonymous. 
  307.  
  308. ?renum
  309. ?renumber
  310. Renumber
  311. Syntax:  renumber {{-} <value>}
  312.  
  313. The RasMol `renumber' command sequentially numbers the residues in a 
  314. macromolecular chain. The optional parameter specifies the value of the 
  315. first residue in the sequence. By default, this value is one. For proteins, 
  316. each amino acid is numbered consecutively from the N terminus to the C 
  317. terminus. For nucleic acids, each base is numbered from the 5' terminus to 
  318. 3' terminus. All chains in the current database are renumbered and gaps in 
  319. the original sequence are ignored. The starting value for numbering may be 
  320. negative. 
  321.  
  322. ?reset
  323. Reset
  324. Syntax:  reset
  325.  
  326. The RasMol `reset' command restores the original viewing transformation and 
  327. centre of rotation. The scale is set to it default value, `zoom 100,' the 
  328. centre of rotation is set to the geometric centre of the currently loaded 
  329. molecule, `centre all,' this centre is translated to the middle of the 
  330. screen and the viewpoint set to the default orientation. 
  331.  
  332. This command should not be mistaken for the RasMol `zap' command which 
  333. deletes the currently stored molecule, returning the program to its initial 
  334. state. 
  335.  
  336. ?restrict
  337. Restrict
  338. Syntax:  restrict {<expression>}
  339.  
  340. The RasMol `restrict' command both defines the currently selected region of 
  341. the molecule and disables the representation of (most of) those parts of the 
  342. molecule no longer selected. All subsequent RasMol commands that modify a 
  343. molecule's colour or representation effect only the currently selected 
  344. region. The parameter of a `restrict' command is a RasMol atom expression 
  345. that is evaluated for every atom of the current molecule. This command is 
  346. very similar to the RasMol `select' command, except restrict disables the 
  347. `wireframe,' `spacefill' and `backbone' representations in the non-selected 
  348. region. 
  349.  
  350. Type "help expression" for more information on RasMol atom expressions. 
  351.  
  352. ?ribbon
  353. ?ribbons
  354. Ribbons
  355. Syntax:  ribbons {<boolean>}
  356.          ribbons <value>
  357.  
  358. The RasMol `ribbons' command displays the currently loaded protein or 
  359. nucleic acid as a smooth solid "ribbon" surface passing along the backbone 
  360. of the protein. The ribbon is drawn between each amino acid whose alpha 
  361. carbon is currently selected. The colour of the ribbon is changed by the 
  362. RasMol `colour ribbon' command. If the current ribbon colour is `none' (the 
  363. default), the colour is taken from the alpha carbon at each position along 
  364. its length. 
  365.  
  366. The width of the ribbon at each position is determined by the optional 
  367. parameter in the usual RasMol units. By default the width of the ribbon is 
  368. taken from the secondary structure of the protein or a constant value of 720 
  369. (2.88 Angstroms) for nucleic acids. The default width of protein alpha 
  370. helices and beta sheets is 380 (1.52 Angstroms) and 100 (0.4 Angstroms) for 
  371. turns and random coil. The secondary structure assignment is either from the 
  372. PDB file or calculated using the DSSP algorithm as used by the `structure' 
  373. command. This command is similar to the RasMol command `strands' which 
  374. renders the biomolecular ribbon as parallel depth-cued curves. 
  375.  
  376. ?rotate
  377. Rotate
  378. Syntax:  rotate <axis> {-} <value>
  379.  
  380. Rotate the molecule about the specified axis. Permited values for the axis 
  381. parameter are "x", "y" and "z". The integer parameter states the angle in 
  382. degrees for the structure to be rotated. For the X and Y axes, positive 
  383. values move the closest point up and right, and negative values move it down 
  384. and left respectively. For the Z axis, a positive rotation acts clockwise 
  385. and a negative angle anti-clockwise. 
  386.  
  387. ?save
  388. Save
  389. Syntax:  save {pdb} <filename>
  390.          save alchemy <filename>
  391.  
  392. Save the currently selected set of atoms in either a Brookhaven Protein 
  393. Database (PDB) or Alchemy(tm) format file. The distinction between this 
  394. command and the RasMol `write' command has been dropped. The only difference 
  395. is that without a format specifier the `save' command generates a `PDB' file 
  396. and the `write' command generates a `GIF' image. 
  397.  
  398. ?source
  399. ?scripts
  400. ?script
  401. Script
  402. Syntax:  script <filename>
  403.  
  404. The RasMol `script' command reads a set of RasMol commands sequentially from 
  405. a text file and executes them. This allows sequences of commonly used 
  406. commands to be stored and performed by single command. A RasMol script file 
  407. may contain a further script command up to a maximum "depth" of 10, allowing 
  408. compilicated sequences of actions to be executed. RasMol ignores all 
  409. characters after the first '#' character on each line allowing the scripts 
  410. to be annotated. Script files are often also annotated using the RasMol 
  411. `echo' command. 
  412.  
  413. The most common way to generate a RasMol script file is to use the `write 
  414. script' or `write rasmol' commands to output the sequence of commands that 
  415. are needed to regenerate the current view, representation and colouring of 
  416. the currently displayed molecule. 
  417.  
  418. The RasMol command `source' is synonymous with the `script' command. 
  419.  
  420. ?select
  421. Select
  422. Syntax:  select {<expression>}
  423.  
  424. Define the currently selected region of the molecule. All subsequent RasMol 
  425. commands that manipulate a molecule or modify its colour or representation, 
  426. only effects the currently selected region. The parameter of a `select' 
  427. command is a RasMol expression that is evaluated for every atom of the 
  428. current molecule. The currently selected (active) region of the molecule are 
  429. those atoms that cause the expression to evaluate true. To select the whole 
  430. molecule use the RasMol command `select all.' The behaviour of the `select' 
  431. command without any parameters is determined by the RasMol `hetero' and 
  432. `hydrogen' parameters. 
  433.  
  434. Type "help expression" for more information on RasMol atom expressions. 
  435.  
  436. ?set
  437. Set
  438. Syntax:  set <parameter> {<option>}
  439.  
  440. The RasMol `set' command allows the user to alter various internal program 
  441. parameters such as those controlling rendering options. Each parameter has 
  442. its own set or permissible parameter options. Typically, ommiting the 
  443. paramter option resets that parameter to its default value. A list of valid 
  444. parameter names is given below. For more information on each internal 
  445. parameter type "help set parameter". 
  446.  
  447.     ambient         axes            background      bondmode
  448.     boundbox        display         fontsize        hbond
  449.     hetero          hourglass       hydrogen        kinemage
  450.     menus           mouse           radius          shadow
  451.     slabmode        solvent         specular        specpower
  452.     ssbonds         strands         unitcell        vectps
  453.  
  454.  
  455. ?show
  456. Show
  457. Syntax:  show information
  458.          show sequence
  459.          show symmetry
  460.  
  461. The RasMol `show' command display details of the status of the currently 
  462. loaded molecule. The command `show information' lists the molecule's name, 
  463. classification, PDB code and the number of atoms, chains, groups it 
  464. contains. If hydrogen bonding, disulphide bridges or secondary structure 
  465. have been determined, the number of hbonds, ssbonds, helices, ladders and 
  466. turns are also displayed respectively. The command `show sequence' lists the 
  467. residues that compose each chain of the molecule. 
  468.  
  469. ?slab
  470. Slab
  471. Syntax:  slab {<boolean>}
  472.          slab <value>
  473.  
  474. The RasMol `slab' command enables, disables or positions the z-clipping 
  475. plane of the molecule. The program only draws those portions of the molecule 
  476. that are further from the viewer than the slabbing plane. Values range from 
  477. zero at the very back of the molecule to 100 which is completely in front of 
  478. the molecule. Intermediate values determine the percentage of the molecule 
  479. to be drawn. 
  480.  
  481. ?cpk
  482. ?spacefill
  483. Spacefill
  484. Syntax:  spacefill {<boolean>}
  485.          spacefill temperature
  486.          spacefill user
  487.          spacefill <value>
  488.  
  489. The RasMol `spacefill' command is used to represent all of the currently 
  490. selected atoms as solid spheres. This command is used to produce both 
  491. union-of-spheres and ball-and-stick models of a molecule. The command, 
  492. `spacefilll true,' the default, represents each atom as a sphere of Van der 
  493. Waals radius. The command `spacefill off' turns off the representation of 
  494. the selected atom as spheres. A sphere radius may be specified as an integer 
  495. in RasMol units (1/250th Angstrom) or a value containing a decimal point. A 
  496. value of 500 (2.0 Angstroms) or greater results in a "Parameter value too 
  497. large" error. 
  498.  
  499. The `temperature' option sets the radius of each sphere to the value stored 
  500. in its temperature field. Zero or negative values causes have no effect and 
  501. values greater than 2.0 are truncated to 2. The `user' option allows the 
  502. radius of each spheres to be specified by additional lines in the molecule's 
  503. PDB file using Raster 3D's COLOR record extension. 
  504.  
  505. The RasMol command `cpk' is synonymous with the `spacefill' command. 
  506.  
  507. ?ssbond
  508. ?bridges
  509. ?disulphide bridges
  510. ?ssbonds
  511. SSBonds
  512. Syntax:  ssbonds {<boolean>}
  513.          ssbonds <value>
  514.  
  515. The RasMol `ssbonds' command is used to represent the disulphide bridges of 
  516. the protein molecule as either dotted lines or cylinders between the 
  517. connected cysteines. The first time that the `ssbonds' command is used, the 
  518. program searches the structure of the protein to find half-cysteine pairs 
  519. (cysteines whose sulphurs are within 3 angstroms of each other) and reports 
  520. the number of bridges to the user. The command `ssbonds on' displays the 
  521. selected `bonds' as dotted lines, and the command `ssbonds off' disables the 
  522. display of ssbonds in the currently selected area. Selection of disulphide 
  523. bridges is identical to normal bonds, and may be adjusted using the RasMol 
  524. `set bondmode' command. The colour of disulphide bonds may be changed using 
  525. the `colour ssbonds' command. By default, each disulphide bond has the 
  526. colours of its connected atoms. 
  527.  
  528. By default disulphide bonds are drawn between the sulphur atoms within the 
  529. cysteine groups. By using the `set ssbonds' command the position of the 
  530. cysteine's alpha carbons may be used instead. 
  531.  
  532. ?strands
  533. Strands
  534. Syntax:  strands {<boolean>}
  535.          strands <value>
  536.  
  537. The RasMol `strands' command displays the currently loaded protein or 
  538. nucleic acid as a smooth "ribbon" of depth-cued curves passing along the 
  539. backbone of the protein. The ribbon is composed of a number of strands that 
  540. run parallel to one another along the peptide plane of each residue. The 
  541. ribbon is drawn between each amino acid whose alpha carbon is currently 
  542. selected. The colour of the ribbon is changed by the RasMol `colour ribbon' 
  543. command. If the current ribbon colour is `none' (the default), the colour is 
  544. taken from the alpha carbon at each position along its length. The colour of 
  545. the central and outermost strands may be coloured independently using the 
  546. `colour ribbon1' and `colour ribbon2' commands respectively. The number of 
  547. strands in the ribbon may be altered using the RasMol `set strands' command. 
  548.  
  549. The width of the ribbon at each position is determined by the optional 
  550. parameter in the usual RasMol units. By default the width of the ribbon is 
  551. taken from the secondary structure of the protein or a constant value of 720 
  552. for nucleic acids (which produces a ribbon 2.88 Angstroms wide). The default 
  553. width of protein alpha helices and beta sheets is 380 (1.52 Angstroms) and 
  554. 100 (0.4 Angstroms) for turns and random coil. The secondary structure 
  555. assignment is either from the PDB file or calculated using the DSSP 
  556. algorithm as used by the `structure' command. This command is similar to the 
  557. RasMol command `ribbons' which renders the biomolecular ribbon as a smooth 
  558. shaded surface. 
  559.  
  560. ?structure
  561. Structure
  562. Syntax:  structure
  563.  
  564. The RasMol `structure' command calculates secondary structure assignments 
  565. for the currently loaded protein. If the original PDB file contained 
  566. structural assignment records (HELIX and SHEET) these are discarded. 
  567. Initially, the hydrogen bonds of the current molecule are found, if this 
  568. hasn't been done already. The secondary structure is the determined using 
  569. Kabsch and Sander's DSSP algorithm. Once finished the program reports the 
  570. number of helices, strands and turns found. 
  571.  
  572. ?translate
  573. Translate
  574. Syntax:  translate <axis> {-} <value>
  575.  
  576. The RasMol `translate' command moves the position of the centre of the 
  577. molecule on the screen. The axis parameter specifies along which axis the 
  578. molecule is to be moved and the integer parameter specifies the absolute 
  579. position of the molecule centre from the middle of the screen. Permited 
  580. values for the axis parameter are "x", "y" and "z". Displacement values must 
  581. be between -100 and 100 which correspond to moving the current molecule just 
  582. off the screen. A positive "x" displacement moves the molecule to the right, 
  583. and a positive "y" displacement moves the molecule down the screen. The pair 
  584. of commands `translate x 0' and `translate y 0' centres the molecule on the 
  585. screen. 
  586.  
  587. ?wireframe
  588. Wireframe
  589. Syntax:  wireframe {<boolean>}
  590.          wireframe <value>
  591.  
  592. The RasMol `wireframe' command represents each bond within the selected 
  593. region of the molecule as either a cylinder, a line or depth-cued vector. 
  594. The display of bonds as depth-cued vectors (drawn darker the further away 
  595. from the viewer) is turned on by the command `wireframe' or `wireframe on.' 
  596. The selected bonds are displayed as cylinders by specifying a radius either 
  597. as an integer in RasMol units or containing a decimal point as a value in 
  598. Angstroms. A parameter value of 500 (2.0 angstroms) or above results in an 
  599. "Parameter value too large" error. Bonds may be coloured using the `colour 
  600. bonds' command. 
  601.  
  602. ?write
  603. Write
  604. Syntax:  write {<format>} <filename>
  605.  
  606. Write the current image to a file in a standard raster format. Currently 
  607. supported image file formats include "gif" (Compuserve GIF), "ppm" (Portable 
  608. Pixmap), "ras" (Sun rasterfile), "ps" and "epsf" (Encapsulated PostScript), 
  609. "monops" (Monochrome Encapsulated PostScript), "bmp" (Microsoft bitmap) and 
  610. "pict" (Apple PICT). The `write' command may also be used to generate 
  611. command scripts for other graphics programs. The format `script' writes out 
  612. a file containing the RasMol `script' commands to reproduce the current 
  613. image. The format `molscript' writes out the commands required to render the 
  614. current view of the molecule as ribbons in Per Kraulis' Molscript program 
  615. and the format `kinemage' the commands for David Richardson's program Mage. 
  616.  
  617. The distinction between this command and the RasMol `save' command has been 
  618. dropped. The only difference is that without a format specifier the `save' 
  619. command generates a `PDB' file and the `write' command generates a `GIF' 
  620. image. 
  621.  
  622. ?zap
  623. Zap
  624. Syntax:  zap
  625.  
  626. Deletes the contents of the current database and resets parameter variables 
  627. to their initial default state. 
  628.  
  629. ?zoom
  630. Zoom
  631. Syntax:  zoom {<boolean>}
  632.          zoom <value>
  633.  
  634. Change the magnification of the currently displayed image. Boolean 
  635. parameters either magnify or reset the scale of current molecule. An integer 
  636. parameter specifies the desired magnification as a percentage of the default 
  637. scale. The minimum parameter value is 10, the maximum parameter value is 
  638. dependent upon the size of the molecule being displayed. For medium sized 
  639. proteins this is about 500. 
  640.  
  641. ?parameters
  642. ?set parameters
  643. ?internal parameters
  644. Internal Parameters
  645. RasMol has a number of internal parameters that may be modified using the 
  646. `set' command. These parameters control a number of program options such as 
  647. rendering options and mouse button mappings. 
  648.  
  649. A complete list of internal parameter names is given below. Type "help set 
  650. <parametername>" for more information on each option. 
  651.  
  652.     ambient         axes            background      bondmode
  653.     boundbox        display         fontsize        hbond
  654.     hetero          hourglass       hydrogen        kinemage
  655.     menus           mouse           radius          shadow
  656.     slabmode        solvent         specular        specpower
  657.     ssbonds         strands         unitcell        vectps
  658.  
  659.  
  660. ?ambient
  661. ?set ambient
  662. Set Ambient
  663. Syntax:  set ambient {<value>}
  664.  
  665. The RasMol `ambient' parameter is used to control the amount of ambient (or 
  666. surrounding) light in the scene. The `ambient' value must be between 0 and 
  667. 100 that controls the percentage intensity of the darkest shade of an 
  668. object. For a solid object, this is the intensity of surfaces facing away 
  669. from the light source or in shadow. For depth-cued objects this is the 
  670. intensity of objects furthest from the viewer. 
  671.  
  672. This parameter is commonly used to correct for monitors with different 
  673. "gamma values" (brightness), to change how light or dark a hardcopy image 
  674. appears when printed or to alter the feeling of depth for wireframe or 
  675. ribbon representations. 
  676.  
  677. ?axis
  678. ?axes
  679. ?set axis
  680. ?set axes
  681. Set Axes
  682. Syntax:  set axes <boolean>
  683.  
  684. The RasMol `axes' parameter controls the display of orthogonal co-ordinate 
  685. axes on the current display. The co-ordinate axes are those used in the 
  686. molecule data file, and the origin is the centre of the molecule's bounding 
  687. box. The `set axes' command is similar the the commands `set boundbox' and 
  688. `set unitcell' that display the bounding box and the crystallographic unit 
  689. cell respectively. 
  690.  
  691. ?set background
  692. Set Background
  693. Syntax:  set background <colour>
  694.  
  695. The RasMol `background' parameter is used to set the colour of the "canvas" 
  696. background. The colour may be given as either a colour name or a comma 
  697. separated triple of Red, Green, Blue (RGB) components enclosed in square 
  698. brackets. Typing the command `help colours' will give a list of the 
  699. predefined colour names recognised by RasMol. When running under X Windows, 
  700. RasMol also recognises colours in the X server's colour name database. 
  701.  
  702. The command `set background' is synonymous with the RasMol command 
  703. `background.' 
  704.  
  705. ?bondmode
  706. ?set bondmode
  707. Set BondMode
  708. Syntax:  set bondmode and
  709.          set bondmode or
  710.  
  711. The RasMol `set bondmode' command controls the mechanism used to select 
  712. individual bonds. When using the `select' and `restrict' commands, a given 
  713. bond will be selected if i) the bondmode is `or' and either of the connected 
  714. atoms is selected, or ii) the bondmode is `and' and both atoms connected by 
  715. the bond are selected. Hence an individual bond may be uniquely identified 
  716. by using the command "set bondmode and" and then uniquely selecting the 
  717. atoms at both ends. 
  718.  
  719. ?boundbox
  720. ?boundingbox
  721. ?bounding box
  722. ?set boundbox
  723. Set BoundBox
  724. Syntax:  set boundbox <boolean>
  725.  
  726. The RasMol `boundbox' parameter controls the display of the current 
  727. molecules bounding box on the display. The bounding box is orthogonal to the 
  728. data file's original co-ordinate axes. The `set boundbox' command is similar 
  729. the the commands `set axes' and `set unitcell' that display orthogonal 
  730. co-ordinate axes and the bounding box respectively. 
  731.  
  732. ?display
  733. ?set display
  734. Set Display
  735. Syntax:  set display selected
  736.          set display normal
  737.  
  738. This command controls the display mode within RasMol. By default, `set 
  739. display normal,' RasMol displays the molecule in the representation 
  740. specified by the user. The command `set display selected' changes the 
  741. display mode such that the molecule is temporarily drawn so as to indicate 
  742. currently selected portion of the molecule. The user specified colour scheme 
  743. and representation remains unchanged. In this representation all selected 
  744. atoms are shown in yellow and all non selected atoms are shown in blue. The 
  745. colour of the background is also changed to a dark grey to indicate the 
  746. change of display mode. This command is typically only used by external 
  747. Graphical User Interfaces (GUIs). 
  748.  
  749. ?set hbonds
  750. Set HBonds
  751. Syntax:  set hbonds backbone
  752.          set hbonds sidechain
  753.  
  754. The RasMol `hbonds' parameter determines whether hydrogen bonds are drawn 
  755. between the donor and acceptor atoms of the hydrogen bond, `set hbonds 
  756. sidechain' or between the alpha carbon atoms of the protein backbone and 
  757. between the phosphorous atoms of the nucleic acid backbone, `set hbonds 
  758. backbone.' The actual display of hydrogen bonds is controlled by the 
  759. `hbonds' command. Drawing hydrogen bonds between protein alpha carbons or 
  760. nucleic acid phosphorous atoms is useful when the rest of the molecule is 
  761. shown in only a schematic representation such as `backbone,' `ribbons' or 
  762. `strands.' his parameter is similar to the RasMol `ssbonds' parameter. 
  763.  
  764. ?fontsize
  765. ?set fontsize
  766. Set FontSize
  767. Syntax:  set fontsize {<value>}
  768.  
  769. The RasMol `set fontsize' command is used to control the size of the 
  770. characters that form atom labels. This value corresponds to the height of 
  771. the displayed character in pixels. The maximum value of `fontsize' is 32 
  772. pixels, and the default value is 8 pixels high. To display atom labels on 
  773. the screen use the RasMol `label' command and to change the colour of 
  774. displayed labels, use the `colour labels' command. 
  775.  
  776. ?hetero
  777. ?set hetero
  778. Set Hetero
  779. Syntax:  set hetero <boolean>
  780.  
  781. The RasMol `hetero' parameter is used to modify the `default' behaviour of 
  782. the RasMol `select' command, i.e. the behaviour of `select' without any 
  783. parameters. When this value is `false,' the default `select' region does not 
  784. include an heterogenous atoms (refer to the predefined set `hetero' ). When 
  785. this value is `true,' the default `select' region may contain hetero atoms. 
  786. This parameter is similar to the RasMol `hydrogen' parameter which 
  787. determines whether hydrogen atoms should be included in the default set. If 
  788. both `hetero' and `hydrogen' are `true,' `select' without any parameters is 
  789. equivalent to `select all.' 
  790.  
  791. ?hourglass
  792. ?set hourglass
  793. Set HourGlass
  794. Syntax:  set hourglass <boolean>
  795.  
  796. The RasMol `hourglass' parameter allows the user to enable and disable the 
  797. use of the `hour glass' cursor used by RasMol to indicate that the program 
  798. is currently busy drawing the next frame. The command `set hourglass on' 
  799. enable the indicator, whilst `set hourglass off' prevents RasMol from 
  800. changing the cursor. This is useful when spinning the molecule, running a 
  801. sequence of commands from a script file or using interprocess communication 
  802. to execute complex sequences of commands. In these cases a `flashing' cursor 
  803. may be distracting. 
  804.  
  805. ?hydrogen
  806. ?set hydrogen
  807. Set Hydrogen
  808. Syntax:  set hydrogen <boolean>
  809.  
  810. The RasMol `hydrogen' parameter is used to modify the `default' behaviour of 
  811. the RasMol `select' command, i.e. the behaviour of `select' without any 
  812. parameters. When this value is `false,' the default `select' region does not 
  813. include any hydrogen or deuterium atoms (refer to the predefined set 
  814. `hydrogen' ). When this value is `true,' the default `select' region may 
  815. contain hydrogen atoms. This parameter is similar to the RasMol `hetero' 
  816. parameter which determines whether heterogenous atoms should be included in 
  817. the default set. If both `hydrogen' and `hetero' are `true,' `select' 
  818. without any parameters is equivalent to `select all.' 
  819.  
  820. ?mage
  821. ?kinemage
  822. ?set kinemage
  823. Set Kinemage
  824. Syntax:  set kinemage <boolean>
  825.  
  826. The RasMol `set kinemage' command controls the amount of detail stored in a 
  827. Kinemage output file generated by the RasMol `write kinemage' command. The 
  828. output kinemage files are intended to be displayed by David Richardson's 
  829. Mage program. `set kinemage false,' the default, only stores the currently 
  830. displayed representation in the generated output file. The command `set 
  831. kinemage true,' generates a more complex Kinemage that contains both the 
  832. wireframe and backbone representations as well as the co-ordinate axes, 
  833. bounding box and crystal unit cell. 
  834.  
  835. ?set menus
  836. Set Menus
  837. Syntax:  set menus <boolean>
  838.  
  839. The RasMol `set menus' command enables the canvas window's menu buttons or 
  840. menu bar. This command is typically only used by graphical user interfaces 
  841. or to create as large as image as possible when using Microsoft Windows. 
  842.  
  843. ?mouse
  844. ?set mouse
  845. Set Mouse
  846. Syntax:  set mouse rasmol
  847.          set mouse insight
  848.          set mouse quanta
  849.  
  850. The RasMol `set mouse' command sets the rotation, translation, scaling and 
  851. zooming mouse bindings. The default value is `rasmol' which is suitable for 
  852. two button mice (for three button mice the second and third buttons are 
  853. synonymous); X-Y rotation is controlled by the first button, and X-Y 
  854. translation by the second. Additional functions are controlled by holding a 
  855. modifier key on the keyboard. [Shift] and the first button performs scaling, 
  856. [shift] and the second button performs Z-rotation, and [control] and the 
  857. first mouse button controls the clipping plane. The `insight' and `quanta' 
  858. provide the same mouse bindings as other packages for experienced users. 
  859.  
  860. ?radius
  861. ?set radius
  862. Set Radius
  863. Syntax:  set radius {<value>}
  864.  
  865. The RasMol `set radius' command is used to alter the behaviour of the RasMol 
  866. `dots' command depending upon the value of the `solvent' parameter. When 
  867. `solvent' is `true,' the `radius' parameter controls whether a true Van der 
  868. Waal's surface is generated by the `dots' command. If the value of `radius' 
  869. is anything other than zero, that value is used as the radius of each atom 
  870. instead of it true VdW value. When the value of `solvent' is `true,' this 
  871. parameter determines the `probe sphere' (solvent) radius. The parameter may 
  872. be given as an integer in rasmol units or containing a decimal point in 
  873. Angstroms. The default value of this parameter is determined by the value of 
  874. `solvent' and changing `solvent' resets `radius' to its new default value. 
  875.  
  876. ?shadow
  877. ?shadows
  878. ?set shadow
  879. Set Shadow
  880. Syntax:  set shadow <boolean>
  881.  
  882. The RasMol `set shadow' command enables and disables raytracing of the 
  883. currently rendered image. Currently only the spacefilling representation is 
  884. shadowed or can cast shadows. Enabling shadowing will automatically disable 
  885. the Z-clipping (slabbing) plane using the command `slab off.' Raytracing 
  886. typically takes about 10s for a moderately sized protein. It is recommended 
  887. that shadowing is normally disabled whilst the molecule is being transformed 
  888. or manipulated, and only enabled once an appropiate viewpoint is selected, 
  889. to provide a greater impression of depth. 
  890.  
  891. ?slabmode
  892. ?set slab
  893. ?set slabmode
  894. Set SlabMode
  895. Syntax:  set slabmode <slabmode>
  896.  
  897. The RasMol `slabmode' parameter controls the rendering method of objects cut 
  898. by the slabbing (z-clipping) plane. Valid slabmode parameters are "reject", 
  899. "half", "hollow", "solid" and "section". 
  900.  
  901. ?solvent
  902. ?set solvent
  903. Set Solvent
  904. Syntax:  set solvent <boolean>
  905.  
  906. The RasMol `set solvent' command is used to control the behaviour of the 
  907. RasMol `dots' command. Depending upon the value of the `solvent' parameter, 
  908. the `dots' command either generates a Van der Waal's or a solvent acessible 
  909. surface around the currently selected set of atoms. Changing this parameter 
  910. automatically resets the value of the RasMol `radius' parameter. The command 
  911. `set solvent false,' the default value, indicates that a Van der Waal's 
  912. surface should be generated and resets the value of `radius' to zero. The 
  913. command `set solvent true' indicates that a `Connolly' or `Richards' solvent 
  914. accessible surface should be drawn and sets the `radius' parameter, the 
  915. solvent radius, to 1.2 Angstroms (or 300 RasMol units). 
  916.  
  917. ?specular
  918. ?set specular
  919. Set Specular
  920. Syntax:  set specular <boolean>
  921.  
  922. The RasMol `set specular' command enables and disables the display of 
  923. specular highlights on solid objects drawn by RasMol. Specular highlights 
  924. appear as white reflections of the light source on the surface of the 
  925. object. The current RasMol implementation uses an approximation function to 
  926. generate this highlight. 
  927.  
  928. The specular highlights on the surfaces of solid objects may be altered by 
  929. using the specular reflection coefficient, which is altered using the RasMol 
  930. `set specpower' command. 
  931.  
  932. ?specpower
  933. ?set specpower
  934. Set SpecPower
  935. Syntax:  set specpower {<value>}
  936.  
  937. The `specpower' parameter determines the shininess of solid objects rendered 
  938. by RasMol. This value between 0 and 100 adjusts the reflection coeffient 
  939. used in specular highlight calculations. The specular highlights are enabled 
  940. and disabled by the RasMol `set specular' command. Values around 20 or 30 
  941. produce plastic looking surfaces. High values represent more shiny surfaces 
  942. such as metals, while lower values produce more diffuse/dull surfaces. 
  943.  
  944. ?set ssbonds
  945. Set SSBonds
  946. Syntax:  set ssbonds backbone
  947.          set ssbonds sidechain
  948.  
  949. The RasMol `ssbonds' parameter determines whether disulphide bridges are 
  950. drawn between the sulphur atoms in the sidechain (the default) or between 
  951. the alpha carbon atoms in the backbone of the cysteines residues. The actual 
  952. display of disulphide bridges is controlled by the `ssbonds' command. 
  953. Drawing disulphide bridges between alpha carbons is useful when the rest of 
  954. the protein is shown in only a schematic representation such as `backbone,' 
  955. `ribbons' or `strands.' his parameter is similar to the RasMol `hbonds' 
  956. parameter. 
  957.  
  958. ?set strands
  959. Set Strands
  960. Syntax:  set strands {<value>}
  961.  
  962. The RasMol `strands' parameter controls the number of parallel strands that 
  963. are displayed in the ribbon representations of proteins. The permissible 
  964. values for this parameter are 1, 2, 3, 4, 5 and 9. The default value is 5. 
  965. The number of strands is constant for all ribbons being displayed. However, 
  966. the ribbon width (the separation between strands) may be controlled on a 
  967. residue by residue basis using the RasMol `ribbons' command. 
  968.  
  969. ?unitcell
  970. ?unit cell
  971. ?set unitcell
  972. Set UnitCell
  973. Syntax:  set unitcell <boolean>
  974.  
  975. The RasMol `unitcell' parameter controls the display of the crystallographic 
  976. unit cell on the current display. The crystal cell is only enabled if the 
  977. appropriate crystal symmetry information is contained in the PDB data file. 
  978. The RasMol command `show symmetry' display details of the crystal's space 
  979. group and unit cell axes. The `set unitcell' command is similar the the 
  980. commands `set axes' and `set boundbox' that display orthogonal co-ordinate 
  981. axes and the bounding box respectively. 
  982.  
  983. ?vectps
  984. ?set vectps
  985. Set VectPS
  986. Syntax:  set vectps <boolean>
  987.  
  988. The RasMol `vectps' parameter is use to control the way in which the RasMol 
  989. `write' command generates vector PostScript output files. The command `set 
  990. vectps on' enables to use of black outlines around spheres and cylinder 
  991. bonds producing `cartoon-like' high resolution output. However, the current 
  992. implementation of RasMol incorrectly cartoons spheres that are intersected 
  993. by more than one other sphere. Hence `ball and stick' models are rendered 
  994. correctly by not large spacefilling spheres models. Cartoon outlines can be 
  995. disabled, the default, by the command `set vectps off' 
  996.  
  997. ?expression
  998. ?expressions
  999. ?atom expressions
  1000. Atom Expressions
  1001. RasMol atom expressions uniquely identify an arbitrary group of atoms within 
  1002. a molecule. Atom expressions are composed of either primitive expressions, 
  1003. (for more details type "help primitives"), predefined sets, (type "help 
  1004. sets"), comparison operators, ("help comparisons"), `within' expressions, 
  1005. ("help within") or logical (boolean) combinations of the above expression 
  1006. types. 
  1007.  
  1008. The logical operators allow complex queries to be constructed out of simpler 
  1009. ones using the standard boolean connectives `and, or' and `not.' These may 
  1010. be abbreviated by the symbols "&", "|" and "!" respectively. Parentheses 
  1011. (brackets) may be used to alter the precedence of the operators. For 
  1012. convenience, a comma may also be used for boolean disjunction. 
  1013.  
  1014. The atom expression is evaluated for each atom, hence `protein and backbone' 
  1015. selects protein bacbone atoms, not the protein and [nucleic] acid backbone 
  1016. atoms! 
  1017.  
  1018. Examples:    backbone and not helix
  1019.              within( 8.0, ser70 )
  1020.              not (hydrogen or hetero)
  1021.              not *.FE and hetero
  1022.              8, 12, 16, 20-28
  1023.              arg, his, lys
  1024.  
  1025.  
  1026. ?examples
  1027. ?example expressions
  1028. Example Expressions
  1029. The following table gives some useful examples of RasMol atom expressions. 
  1030. For examples of the precise syntax, type "help expressions". 
  1031.  
  1032.     Expression      Interpretation
  1033.  
  1034.     *               All atoms
  1035.     cys             Atoms in cysteines
  1036.     hoh             Atoms in heterogenous water molecules
  1037.     as?             Atoms in either asparagine or aspartic acid
  1038.     *120            Atoms at residue 120 of all chains
  1039.     *p              Atoms in chain P
  1040.     *.n?            Nitrogen atoms
  1041.     cys.sg          Sulphur atoms in cysteine residues
  1042.     ser70.c?        Carbon atoms in serine-70
  1043.     hem*p.fe        Iron atoms in the Heme groups of chain P
  1044.  
  1045.  
  1046. ?primitive
  1047. ?primitives
  1048. ?primitive expression
  1049. ?primitive expressions
  1050. Primitive Expressions
  1051. RasMol primitive expressions are the fundamental building blocks of atom 
  1052. expressions. There are two types of primitive expression. The first type is 
  1053. used to identify a given residue number or range of residue numbers. A 
  1054. single residue is identified by its number (position in the sequence), and a 
  1055. range is specified by lower and upper bounds separated by a hyphen 
  1056. character. For example `select 5,6,7,8' is also `select 5-8.' Note that this 
  1057. selects the given residue numbers in all macromolecule chains. 
  1058.  
  1059. The second type of primitive expression specifies a sequence of fields that 
  1060. must match for a given atom. The first part specifies a residue (or group of 
  1061. residues) and an optional second part specifies the atoms within those 
  1062. residues. The first part consists of a residue name, optionally followed by 
  1063. a residue number and/or chain identifier. The second part consists of a 
  1064. period character followed by an atom name. An asterisk may be used as a wild 
  1065. card for a whole field and a question mark as a single character wildcard. 
  1066.  
  1067. For examples of RasMol expressions type "help examples". 
  1068.  
  1069. ?comparison
  1070. ?comparisons
  1071. ?comparison expressions
  1072. ?comparison operators
  1073. Comparison Operators
  1074. Parts of a molecule may also be distinguished using equality, inequality and 
  1075. ordering operators on their properties. The format of such comparison 
  1076. expression is a property name, followed by a comparison operator and then an 
  1077. integer value. 
  1078.  
  1079. The atom properties that may be used in RasMol are `atomno' for the atom 
  1080. serial number, `elemno' for the atom's atomic number (element), `resno' for 
  1081. the residue number, `radius' for the spacefill radius in RasMol units (or 
  1082. zero if not represented as a sphere) and `temperature' for the PDB 
  1083. anisotropic temperature value. 
  1084.  
  1085. The equality operator is denoted either "=" or "==". The inequality operator 
  1086. as either "<>", "!=" or "/=". The ordering operators are "<" for less than, 
  1087. "<=" for less than or equal to, ">" for greater than, and ">" for greater 
  1088. than or equal to. 
  1089.  
  1090. Examples:    resno < 23
  1091.              temperature >= 900
  1092.              atomno == 487
  1093.  
  1094.  
  1095. ?within expressions
  1096. Within Expressions
  1097. A RasMol `within' expression allows atoms to be selected on their proximity 
  1098. to another set of atoms. A `within' expression takes two parameters 
  1099. separated by a comma and surrounded by parenthesis. The first argument is an 
  1100. integer value called the "cut-off" distance of the within expression and the 
  1101. second argument is any valid atom expression. The cut-off distance is 
  1102. expressed in either integer RasMol units or Angstroms containing a decimal 
  1103. point. An atom is selected if it is within the cut-off distance of any of 
  1104. the atoms defined by the second argument. This allows complex expressions to 
  1105. be constructed containing nested `within' expressions. 
  1106.  
  1107. For example, the command `select within(3.2,backbone)' selects any atom 
  1108. within a 3.2 Angstrom radius of any atom in a protein or nucleic acid 
  1109. backbone. `Within' expressions are particularly useful for selecting the 
  1110. atoms around an active site. 
  1111.  
  1112. ?sets
  1113. ?predefined
  1114. ?predefined sets
  1115. Predefined Sets
  1116. RasMol atom expressions may contain predefined sets. These sets are single 
  1117. keywords that represent portions of a molecule of interest. Predefined sets 
  1118. are often abbreviations primitive atom expressions, and in some cases of 
  1119. selecting areas of a molecule that could not otherwise be distinguished. A 
  1120. list of the currently predefined sets is given below. In addition to the 
  1121. sets listed here, RasMol also treats element names (and their plurals) as 
  1122. predefined sets containing all atoms of that element type, i.e. the command 
  1123. `select oxygen' is equivalent to the command `select elemno=8.' Type "help 
  1124. sets setname" for more information about a given set. 
  1125.  
  1126.     at              acidic          acyclic         aliphatic
  1127.     alpha           amino           aromatic        backbone
  1128.     basic           bonded          buried          cg
  1129.     charged         cyclic          cystine         helix
  1130.     hetero          hydrogen        hydrophobic     ions
  1131.     large           ligand          medium          neutral
  1132.     nucleic         polar           protein         purine
  1133.     pyrimidine      selected        sheet           sidechain
  1134.     small           solvent         surface         turn
  1135.     water
  1136.  
  1137.  
  1138. ?at
  1139. ?at set
  1140. AT Set
  1141. This set contains the atoms in the complementary nucleotides adenosine and 
  1142. thymidine (A and T respectively). All nucleotides are classified as either 
  1143. the set `at' or the set `cg' This set is equivalent to the RasMol atom 
  1144. expressions "a,t" and "nucleic and not cg" 
  1145.  
  1146. ?acidic
  1147. ?acidic set
  1148. Acidic Set
  1149. The set of acidic amino acids. These are the residue types Asp and Glu. All 
  1150. amino acids are classified as either `acidic,' `basic' `or' `neutral.' This 
  1151. set is equivalent to the RasMol atom expressions "asp, glu" and "amino and 
  1152. not (basic or neutral)" 
  1153.  
  1154. ?acyclic
  1155. ?acyclic set
  1156. Acyclic Set
  1157. The set of atoms in amino acids not containing a cycle or ring. All amino 
  1158. acids are classified as either `cyclic' or `acyclic.' This set is equivalent 
  1159. to the RasMol atom expression "amino and not cyclic" 
  1160.  
  1161. ?aliphatic
  1162. ?aliphatic set
  1163. Aliphatic Set
  1164. This set contains the aliphatic amino acids. These are the amino acids Ala, 
  1165. Gly, Ile, Leu and Val. This set is equiavlent to the RasMol atom expression 
  1166. "ala, gly, ile, leu, val" 
  1167.  
  1168. ?alpha
  1169. ?alpha carbon
  1170. ?alpha carbons
  1171. ?alpha set
  1172. Alpha Set
  1173. The set of alpha carbons in the protein molecule. This set is approximately 
  1174. equivalent to the RasMol atom expression "*.CA" This command should not be 
  1175. confused with the predefined set `helix' which contains the atoms in the 
  1176. amino acids of the protein's alpha helices. 
  1177.  
  1178. ?amino
  1179. ?amino set
  1180. Amino Set
  1181. This set contains all the atoms contained in amino acid residues. This is 
  1182. useful for distinguishing the protein from the nucleic acid and heterogenous 
  1183. atoms in the current molecule database. 
  1184.  
  1185. ?aromatic
  1186. ?aromatic set
  1187. Aromatic Set
  1188. The set of atoms in amino acids containing aromatic rings. These are the 
  1189. amino acids His, Phe, Trp and Tyr. Because they contain aromatic rings all 
  1190. members of this set are member of the predefined set `cyclic.' This set is 
  1191. equivalent to the RasMol atom expressions "his, phe, trp, tyr" and "cyclic 
  1192. and not pro" 
  1193.  
  1194. ?mainchain
  1195. ?backbone set
  1196. Backbone Set
  1197. This set contains the four atoms of each amino acid that form the 
  1198. polypeptide N-C-C-O backbone of proteins, and the atoms the sugar phosphate 
  1199. backbone of nucleic acids. Use the RasMol predefined sets `protein' and 
  1200. `nucleic' to distinguish between the two forms of backbone. Atoms in nucleic 
  1201. acids and proteins are either `backbone' or `sidechain.' This set is 
  1202. equivalent to the RasMol expression "(protein or nucleic) and not sidechain" 
  1203.  
  1204. The predefined set `mainchain' is synonymous with the set `backbone.' 
  1205.  
  1206. ?basic
  1207. ?basic set
  1208. Basic Set
  1209. The set of basic amino acids. These are the residue types Arg, His and Lys. 
  1210. All amino acids are classified as either `acidic,' `basic' or `neutral.' 
  1211. This set is equivalent to the RasMol atom expressions "arg, his, lys" and 
  1212. "amino and not (acidic or neutral)" 
  1213.  
  1214. ?bonded
  1215. ?bonded set
  1216. Bonded Set
  1217. This set contain all the atoms in the current molecule database that are 
  1218. bonded to atleast one other atom. 
  1219.  
  1220. ?buried
  1221. ?buried set
  1222. Buried Set
  1223. This set contains the atoms in those amino acids that tend (prefer) to 
  1224. buried inside protein, away from contact with solvent molecules. This set 
  1225. refers to the amino acids preference and not the actual solvent acessibility 
  1226. for the current protein. All amino acids are classified as either `surface' 
  1227. or `buried.' This set is equivalent to the RasMol atom expression "amino and 
  1228. not surface" 
  1229.  
  1230. ?cg
  1231. ?cg set
  1232. CG Set
  1233. This set contains the atoms in the complementary nucleotides cytidine and 
  1234. guanoine (C and G respectively). All nucleotides are classified as either 
  1235. the set `at' or the set `cg' This set is equivalent to the RasMol atom 
  1236. expressions "c,g" and "nucleic and not at" 
  1237.  
  1238. ?charged
  1239. ?charged set
  1240. Charged Set
  1241. This set contains the charged amino acids. These are the amino acids that 
  1242. are either `acidic' or `basic.' Amino acids are classified as being either 
  1243. `charged' or `neutral.' This set is equivalent to the RasMol atom 
  1244. expressions "acidic or basic" and "amino and not neutral" 
  1245.  
  1246. ?cyclic
  1247. ?cyclic set
  1248. Cyclic Set
  1249. The set of atoms in amino acids containing a cycle or rings. All amino acids 
  1250. are classified as either `cyclic' or `acyclic.' This set consists of the 
  1251. amino acids His, Phe, Pro, Trp and Tyr. The members of the predefined set 
  1252. `aromatic' are members of this set. The only cyclic but non-aromatic amino 
  1253. acid is proline. This set is equivalent to the RasMol atom expressions "his, 
  1254. phe, pro, trp, tyr" and "aromatic or pro" and "amino and not acyclic" 
  1255.  
  1256. ?cystine
  1257. ?cystine set
  1258. Cystine Set
  1259. This set contains the atoms of cysteine residues that form part of a 
  1260. disulphide bridge, i.e. half cystines. RasMol automatically determines 
  1261. disulphide bridges, if neither the predefined set `cystine' nor the RasMol 
  1262. `ssbonds' command have been used since the molecule was loaded. The set of 
  1263. free cysteines may be determined using the RasMol atom expression "cys and 
  1264. not cystine" 
  1265.  
  1266. ?helix
  1267. ?helices
  1268. ?alpha helix
  1269. ?alpha helices
  1270. ?helix set
  1271. Helix Set
  1272. This set contains all atoms that form part of a protein alpha helix as 
  1273. determined by either the PDB file author or Kabsch and Sander's DSSP 
  1274. algorithm. By default, RasMol uses the secondary structure determination 
  1275. given in the PDB file if it exists. Otherwise, it uses the DSSP algorithm as 
  1276. used by the RasMol `structure' command. 
  1277.  
  1278. This predefined set should not be confused with the predefined set `alpha' 
  1279. which contains the alpha carbon atoms of a protein. 
  1280.  
  1281. ?hetero set
  1282. Hetero Set
  1283. This set contains all the heterogenous atoms in the molecule. These are the 
  1284. atoms described by HETATM entries in the PDB file. These typically contain 
  1285. water, cofactors and other solvents and ligands. All `hetero' atoms are 
  1286. classified as either `ligand' or `solvent' atoms. These heterogenous 
  1287. `solvent' atoms are further classified as either `water' or `ions.' 
  1288.  
  1289. ?hydrogen set
  1290. Hydrogen Set
  1291. This predefined set contains all the hydrogen and deuterium atoms of the 
  1292. current molecule. This predefined set is equivalent to the RasMol atom 
  1293. expression "elemno=1" 
  1294.  
  1295. ?hydrophobic
  1296. ?hydrophobic set
  1297. Hydrophobic Set
  1298. This set contains all the hydrophobic amino acids. These are the amino acids 
  1299. Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met and Trp. All amino acids are classified as 
  1300. either `hydrophobic' or `polar.' This set is equivalent to the RasMol atom 
  1301. expressions "ala, leu, val, ile, pro, phe, met, trp" and "amino and not 
  1302. polar" 
  1303.  
  1304. ?ions
  1305. ?ions set
  1306. Ions Set
  1307. This set contains all the heterogenous phosphate and sulphate ions in the 
  1308. current molecule data file. A large number of these ions are sometimes 
  1309. associated with protein and nucleic acid structures determined by X-ray 
  1310. crystallography. These atoms tend to clutter an image. All `hetero' atoms 
  1311. are classified as either `ligand' or `solvent' atoms. All `solvent' atoms 
  1312. are classified as either `water' or `ions.' 
  1313.  
  1314. ?large
  1315. ?large set
  1316. Large Set
  1317. All amino acids are classified as either `small,' `medium' or `large.' This 
  1318. set is equivalent to the RasMol atom expression "amino and not (small or 
  1319. medium)" 
  1320.  
  1321. ?ligand
  1322. ?ligand set
  1323. Ligand Set
  1324. This set contains all the heterogenous cofactor and ligand moieties that are 
  1325. contained in the current molecule data file. At this set is defined to be 
  1326. all `hetero' atoms that are not `solvent' atoms. Hence this set is 
  1327. equivalent to the RasMol atom expression "hetero and not solvent" 
  1328.  
  1329. ?medium
  1330. ?medium set
  1331. Medium Set
  1332. All amino acids are classified as either `small,' `medium' or `large.' This 
  1333. set is equivalent to the RasMol atom expression "amino and not (large or 
  1334. small)" 
  1335.  
  1336. ?neutral
  1337. ?neutral set
  1338. Neutral Set
  1339. The set of neutral amino acids. All amino acids are classified as either 
  1340. `acidic,' `basic' or `neutral.' This set is equivalent to the RasMol atom 
  1341. expression "amino and not (acidic or basic)" 
  1342.  
  1343. ?nucleic
  1344. ?nucleic set
  1345. Nucleic Set
  1346. The set of all atoms in nucleic acids, which consists of the four nucleotide 
  1347. bases adenosine, cytidine, guanosine and thymidine (A, C, G and T 
  1348. respectively). All neucleotides are classified as either `purine' or 
  1349. `pyrimidine.' This set is equivalent to the RasMol atom expressions 
  1350. "a,c,g,t" and "purine or pyrimidine" 
  1351.  
  1352. ?polar
  1353. ?polar set
  1354. Polar Set
  1355. This set contains the polar amino acids. All amino acids are classified as 
  1356. either `hydrophobic' or `polar.' This set is equivalent to the RasMol atom 
  1357. expression "amino and not hydrophobic" 
  1358.  
  1359. ?protein
  1360. ?protein set
  1361. Protein Set
  1362. The set of all atoms in proteins. This consists of the RasMol predefined set 
  1363. `amino' and common post-translation modifications. 
  1364.  
  1365. ?purine
  1366. ?purine set
  1367. Purine Set
  1368. The set of purine nucleotides. These are the bases adenosine and guanosine 
  1369. (A and G respectively). All nucleotides are either `purines' or 
  1370. `pyrimidines.' This set is equivalent to the RasMol atom expressions "a,g" 
  1371. and "nucleic and not purine" 
  1372.  
  1373. ?pyrimidine
  1374. ?pyrimidine set
  1375. Pyrimidine Set
  1376. The set of pyrimidine nucleotides. These are the bases cytidine and 
  1377. thymidine (C and T respectively). All nucleotides are either `purines' or 
  1378. `pyrimidines.' This set is equivalent to the RasMol atom expressions "c,t" 
  1379. and "nucleic and not pyrimidine" 
  1380.  
  1381. ?selected
  1382. ?selected set
  1383. Selected Set
  1384. This set contains the set of atoms in the currently selected region. The 
  1385. currently selected region is defined by the preceding `select' or `restrict' 
  1386. command and not the atom expression containing the `selected' keyword. 
  1387.  
  1388. ?sheet
  1389. ?sheets
  1390. ?beta sheet
  1391. ?beta sheets
  1392. ?sheet set
  1393. Sheet Set
  1394. This set contains all atoms that form part of a protein beta sheet as 
  1395. determined by either the PDB file author or Kabsch and Sander's DSSP 
  1396. algorithm. By default, RasMol uses the secondary structure determination 
  1397. given in the PDB file if it exists. Otherwise, it uses the DSSP algorithm as 
  1398. used by the RasMol `structure' command. 
  1399.  
  1400. ?sidechain
  1401. ?sidechain set
  1402. Sidechain Set
  1403. This set contains the functional sidechains of any amino acids and the base 
  1404. of each nucleotide. These are the atoms not part of the polypeptide N-C-C-O 
  1405. backbone of proteins or the sugar phosphate backbone of nucleic acids. Use 
  1406. the RasMol predefined sets `protein' and `nucleic' to distinguish between 
  1407. the two forms of sidechain. Atoms in nucleic acids and proteins are either 
  1408. `backbone' or `sidechain.' This set is equivalent to the RasMol expression 
  1409. "(protein or nucleic) and not backbone" 
  1410.  
  1411. ?small
  1412. ?small set
  1413. Small Set
  1414. All amino acids are classified as either `small,' `medium' or `large.' This 
  1415. set is equivalent to the RasMol atom expression "amino and not (medium or 
  1416. large)" 
  1417.  
  1418. ?solvent set
  1419. Solvent Set
  1420. This set contains the solvent atoms in the molecule co-ordinate file. These 
  1421. are the heterogenous water molecules, phosphate and sulphate ions. All 
  1422. `hetero' atoms are classified as either `ligand' or `solvent' atoms. All 
  1423. `solvent' atoms are classified as either `water' or `ions.' This set is 
  1424. equivalent to the RasMol atom expressions "hetero and not ligand" and "water 
  1425. or ions" 
  1426.  
  1427. ?surface set
  1428. Surface Set
  1429. This set contains the atoms in those amino acids that tend (prefer) to be on 
  1430. the surface of proteins, in contact with solvent molecules. This set refers 
  1431. to the amino acids preference and not the actual solvent accessibility for 
  1432. the current protein. All amino acids are classified as either `surface' or 
  1433. `buried.' This set is equivalent to the RasMol atom expression "amino and 
  1434. not buried" 
  1435.  
  1436. ?turn
  1437. ?turns
  1438. ?turn set
  1439. Turn Set
  1440. This set contains all atoms that form part of a protein turns as determined 
  1441. by either the PDB file author or Kabsch and Sander's DSSP algorithm. By 
  1442. default, RasMol uses the secondary structure determination given in the PDB 
  1443. file if it exists. Otherwise, it uses the DSSP algorithm as used by the 
  1444. RasMol `structure' command. 
  1445.  
  1446. ?water
  1447. ?water set
  1448. Water Set
  1449. This set contains all the heterogenous water molecules in the current 
  1450. database. A large number of water molecules are sometimes associated with 
  1451. protein and nucleic acid structures determined by X-ray crystallography. 
  1452. These atoms tend to clutter an image. All `hetero' atoms are classified as 
  1453. either `ligand' or `solvent' atoms. The `solvent' atoms are further 
  1454. classified as either `water' or `ions.' 
  1455.  
  1456. ?colors
  1457. ?colours
  1458. ?color schemes
  1459. ?colour schemes
  1460. ?color names
  1461. ?colour names
  1462. ?predefined colors
  1463. ?predefined colours
  1464. Colour Schemes
  1465. The RasMol `colour' command allows different objects (such as atoms, bonds 
  1466. and ribbon segments) to be given a specified colour. Typically this colour 
  1467. is either a RasMol predefined colour name or an RGB triple. Additionally 
  1468. RasMol also supports `cpk,' `amino,' `chain,' `group,' `shapely,' 
  1469. `structure,' `temperature,' `charge' and `user' colour schemes for atoms, a 
  1470. `hbond type' colour scheme for hydrogen bonds and `electrostatic potential' 
  1471. colour scheme for dot surfaces. The currently predefined colour names are 
  1472. listed below with their corresponding RGB triplet. 
  1473.  
  1474.     blue         [0,0,255]          black        [0,0,0]
  1475.     cyan         [0,255,255]        green        [0,255,0]
  1476.     greenblue    [46,139,87]        magenta      [255,0,255]
  1477.     orange       [255,165,0]        purple       [160,32,240]
  1478.     red          [255,0,0]          redorange    [255,69,0]
  1479.     violet       [238,130,238]      white        [255,255,255]
  1480.     yellow       [255,255,0]
  1481.  
  1482.  
  1483. ?color amino
  1484. ?colour amino
  1485. ?amino colours
  1486. Amino Colours
  1487. The RasMol `amino' colour scheme colours amino acids according to 
  1488. traditional amino acid properties. The purpose of colouring is to identify 
  1489. amino acids in an unusual or surprising environment. The outer parts of a 
  1490. protein that are polar are visible (bright) colours and non-polar residues 
  1491. darker. Most colours are hallowed by tradition. This colour scheme is 
  1492. similar to the `shapely' scheme. 
  1493.  
  1494.    ASP,GLU bright red [230,10,10]     CYS,MET     yellow [230,230,0]
  1495.    LYS,ARG blue       [20,90,255]     SER,THR     orange [250,150,0]
  1496.    PHE,TYR mid blue   [50,50,170]     ASN,GLN     cyan   [0,220,220]
  1497.    GLY     light grey [235,235,235]   LEU,VAL,ILE green  [15,130,15]
  1498.    ALA     dark grey  [200,200,200]   TRP         pink   [180,90,180]
  1499.    HIS     pale blue  [130,130,210]   PRO         flesh  [220,150,130]
  1500.  
  1501.  
  1502. ?chain
  1503. ?color chain
  1504. ?colour chain
  1505. ?chain colours
  1506. Chain Colours
  1507. The RasMol `chain' colour scheme assigns each macromolecular chain a unique 
  1508. colour. This colour scheme is particularly useful for distinguishing the 
  1509. parts of multimeric structure or the individual `strands' of a DNA chain. 
  1510.  
  1511. ?color cpk
  1512. ?colour cpk
  1513. ?cpk colours
  1514. CPK Colours
  1515. The RasMol `cpk' colour scheme is based upon the colours of the popular 
  1516. plastic spacefilling models which were developed by Corey, Pauling and later 
  1517. improved by Kultun. This colour scheme colour `atom' objects by the atom 
  1518. (element) type. This is the scheme conventionally used by chemists. The 
  1519. assignment of element type to colours is given below. 
  1520.  
  1521.     Carbon       light grey       Chlorine         green
  1522.     Oxygen       red              Bromine, Zinc    brown
  1523.     Hydogen      white            Sodium           blue
  1524.     Nitrogen     light blue       Iron             purple
  1525.     Sulphur      yellow           Calcium, Metals  dark grey
  1526.     Phosphorous  orange           Unknown          deep pink
  1527.  
  1528.  
  1529. ?group
  1530. ?color group
  1531. ?colour group
  1532. ?group colours
  1533. Group Colours
  1534. The RasMol `group' colour scheme colour codes residues by their position in 
  1535. a macromolecular chain. Each chain is drawn as a smooth spectrum from blue 
  1536. through green, yellow and orange to red. Hence the N terminus of proteins 
  1537. and 5' terminus of nucleic acids are coloured red and the C terminus of 
  1538. proteins and 3' terminus of nucleic acids are drawn in blue. If a chain has 
  1539. a large number of heterogenous molecules associated with it, the 
  1540. macromolecule may not be drawn in the full `range' of the spectrum. 
  1541.  
  1542. ?shapely
  1543. ?shapely colors
  1544. ?shapely colours
  1545. ?shapely colours
  1546. Shapely Colours
  1547. The RasMol `shapely' colour scheme colour codes residues by amino acid 
  1548. property. This scheme is based upon Bob Fletterick's "Shapely Models". Each 
  1549. amino acid and nucleic acid residue is given a unique colour. The `shapely' 
  1550. colour scheme is used by David Bacon's Raster3D program. This colour scheme 
  1551. is similar to the `amino' colour scheme. 
  1552.  
  1553. ?color structure
  1554. ?colour structure
  1555. ?structure colours
  1556. Structure Colours
  1557. The RasMol `structure' colour scheme colours the molecule by protein 
  1558. secondary structure. Alpha helices are coloured magenta, [240,0,128], beta 
  1559. sheets are coloured yellow, [255,255,0], turns are coloured pale blue, 
  1560. [96,128,255] and all other residues are coloured white. The secondary 
  1561. structure is either read from the PDB file (HELIX and SHEET records), if 
  1562. available, or determined using Kabsch and Sander's DSSP algorithm. The 
  1563. RasMol `structure' command may be used to force DSSP's structure assignment 
  1564. to be used. 
  1565.  
  1566. ?temperature
  1567. ?color temperature
  1568. ?colour temperature
  1569. ?temperature colours
  1570. Temperature Colours
  1571. The RasMol `temperature' colour scheme colour codes each atom according to 
  1572. the anisotropic temperature (beta) value stored in the PDB file. Typically 
  1573. this gives a measure of the mobility/uncertainty of a given atom's position. 
  1574. High values are coloured in warmer (red) colours and lower values in colder 
  1575. (blue) colours. This feature is often used to associate a "scale" value 
  1576. [such as amino acid variability in viral mutants] with each atom in a PDB 
  1577. file, and colour the molecule appropriately. 
  1578.  
  1579. The difference between the `temperature' and `charge' colour schemes is that 
  1580. increasing temperature values proceed from blue to red, whereas increasing 
  1581. charge valuse go from red to blue. 
  1582.  
  1583. ?charge
  1584. ?color charge
  1585. ?colour temperature
  1586. ?charge colours
  1587. Charge Colours
  1588. The RasMol `charge' colour scheme colour codes each atom according to the 
  1589. charge value stored in the input file (or beta factor field of PDB files). 
  1590. High values are coloured in blue (positive) and lower values coloured in red 
  1591. (negative). Rather than use a fixed scale this scheme determines the maximum 
  1592. and minimum values of the charge/temperature field and interpolates from red 
  1593. to blue appropriately. Hence, green cannot be assumed to be `no net charge' 
  1594. charge. 
  1595.  
  1596. The difference between the `charge' and `temperature' colour schemes is that 
  1597. increasing temperature values proceed from blue to red, whereas increasing 
  1598. charge valuse go from red to blue. 
  1599.  
  1600. If the charge/temperature field stores reasonable values it is possible to 
  1601. use the RasMol `colour dots potential' command to colour code a dot surface 
  1602. (generated by the `dots' command) by electrostatic potential. 
  1603.  
  1604. ?user
  1605. ?color user
  1606. ?colour user
  1607. ?user colours
  1608. User Colours
  1609. The RasMol `user' colour scheme allows RasMol to use the colour scheme 
  1610. stored in the PDB file. The colours for each atom are stored in COLO records 
  1611. placed in the PDB data file. This convention was introduced by David Bacon's 
  1612. Raster3D program. 
  1613.  
  1614. ?type
  1615. ?color type
  1616. ?colour type
  1617. ?hbond type colours
  1618. HBond Type Colours
  1619. The RasMol `type' colour scheme applies only to hydrogen bonds, hence is 
  1620. used in the command "colour hbonds type" This scheme colour codes each 
  1621. hydrogen bond according to the distance along a protein chain between 
  1622. hydrogen bond donor and acceptor. This schematic representation was 
  1623. introduced by Belhadj-Mostefa and Milner-White. This representation gives a 
  1624. good insight into protein secondary structure (hbonds forming alpha helices 
  1625. appear red, those forming sheets appear yellow and those forming turns 
  1626. appear magenta). 
  1627.  
  1628.       Offset    Colour    Triple
  1629.         +2      white     [255,255,255]
  1630.         +3      magenta   [255,0,255]
  1631.         +4      red       [255,0,0]
  1632.         +5      orange    [255,165,0]
  1633.         -3      cyan      [0,255,255]
  1634.         -4      green     [0,255,0]
  1635.       default   yellow    [255,255,0]
  1636.  
  1637.  
  1638. ?potential
  1639. ?electrostatic
  1640. ?electrostatic potential
  1641. ?potential colours
  1642. Potential Colours
  1643. The RasMol `potential' colour scheme applies only to dot surfaces, hence is 
  1644. used in the command "colour dots potential" This scheme colours each 
  1645. currently displayed dot by the electrostatic potential at that point in 
  1646. space. This potential is calculated using Coulomb's law taking the 
  1647. temperature/charge field of the input file to be the charge assocated with 
  1648. that atom. This is the same interpretation used by the `colour charge' 
  1649. command. Like the `charge' colour scheme low values are blue/white and high 
  1650. values are red. The table below shows the static assignment of colours using 
  1651. a dielectric constant value of 10. 
  1652.  
  1653.      25 < V          red       [255,0,0]
  1654.      10 < V <  25    orange    [255,165,0]
  1655.       3 < V <  10    yellow    [255,255,0]
  1656.       0 < V <   3    green     [0,255,0]
  1657.      -3 < V <   0    cyan      [0,255,255]
  1658.     -10 < V <   3    blue      [0,0,255]
  1659.     -25 < V < -10    purple    [160,32,240]
  1660.           V < -25    white     [255,255,255]
  1661.  
  1662.  
  1663. ?codes
  1664. ?amino codes
  1665. ?amino acid codes
  1666. Amino Acid Codes
  1667. The following table lists the names, single letter and three letter codes of 
  1668. each of the amino acids. 
  1669.  
  1670.     Alanine         A  ALA         Arginine        R  ARG
  1671.     Asparagine      N  ASN         Aspartic acid   D  ASP
  1672.     Cysteine        C  CYS         Glutamic acid   E  GLU
  1673.     Glutamine       Q  GLN         Glycine         G  GLY
  1674.     Histidine       H  HIS         Isoleucine      I  ILE
  1675.     Leucine         L  LEU         Lysine          K  LYS
  1676.     Methionine      M  MET         Phenylalanine   F  PHE
  1677.     Proline         P  PRO         Serine          S  SER
  1678.     Threonine       T  THR         Tryptophan      W  TRP
  1679.     Tyrosine        Y  TYR         Valine          V  VAL
  1680.  
  1681.  
  1682. ?boolean
  1683. ?booleans
  1684. ?boolean expression
  1685. ?boolean expressions
  1686. Booleans
  1687. A boolean parameter is a truth value. Valid boolean values are `true' and 
  1688. `false', and their synonyms `on' and `off'. Boolean parameters are commonly 
  1689. used by RasMol to either enable or disable a representation or option. 
  1690.  
  1691.